4月1日から東工大の助教になり、4月3日から許可を取った上で完全在宅勤務をしている。おかげ様で自分の身分が変わった感覚があまりない。 そんなことよりも（いや、関係しているのだが）、最近はコロナウイルスによる緊急事態宣言により、世の中がかなり騒が…
「変更が2つ以上」とはどういうこと？ コードの修正を行っていると、「あれ、ここもイケてない…直さないとな…」と気づくことがある。このこと自体はとても良いことなのだが、「一緒に修正してしまえ」とやろうとすると、結構な確率で何をやっているのかわか…
自分の個人サイトにblog枠も併設していたのだけど、見た目をキレイにするとか、そういう手間が面倒以外の何物でもなかったので、はてブロに持ってくることにした。markdownで書くことには変わりないし。 学振PDという身分だったり、非常勤講師をさせて頂いた…
はじめに：「過去メモから未来メモへ」 研究に限らず、なんらかの作業をするときにメモを取るのは重要だと思う。ただ、取ったメモを未来に活用できなければ意味がない。このことを、パルコの広告なども手掛けてきたコピーライターの小西 利行さんは著書『仕…
面白いもので、モラルや信頼、なんでもかんでも、人間は本質的に悪くする（しかし短期的に労が少なかったり、利己的だったりする）方を選ぶ力が働くらしい。積み上げたり維持したりするのはとても大変なわりに、崩れるのは比較的簡単なものだ。 でも1つ例外…
とりあえず手法の理解まで。 論文情報 S. Uehara & S. Tanaka, "Cosolvent-Based Molecular Dynamics for Ensemble Docking: Practical Method for Generating Druggable Protein Conformations", J Chem Inf Model 57, 742-756, 2017. doi: 10.1021/acs.jci…
論文情報 Sun et al., "Structure-Based Analysis of Cryptic-Site Opening", Structure 28, 1-13, 2020. doi: 10.1016/j.str.2019.11.007 どんなもの？ APO構造の中には、薬剤結合するには浅すぎる/小さすぎる Cryptic siteというものが存在することが多い…
その後の話を書きます。 2019年5月22日に日本学術振興会 特別研究員の証明書（プラスチックのカード）が届いたとの事務からの連絡があり、ここで初めて正式に採用されていることが確認できました。 併せて頂いた採用通知は4月25日付けになっており、これは特…
この記事は大体自分の最近の論文を見ているときに見かけたものの備忘録です。 最近DeepChemとか、化合物やタンパク質の世界にもDeep Learning、流行ってますよねぇ（最近って何年前からの話だよ…）。 Deep Learningをする上で（機械学習をする上で）、どんな…
最近MDシミュレーションをはじめて、はえー結構ちゃんと整備されてるのねぇーとか思いつつ。 amberのツールを使って、MDの結果を解析しようと思ったところ、pytrajというpython notebook形式でMDの結果を解析できるツールを発見したものの、cpptrajでいうunw…
4/1から学振PDで東大に着任することになったわけですが、行っても辞令を交付されるわけでもなく、雇用を証明するものもなく。 3月末まで所属していた東工大は「特別研究員」という肩書を得ることで様々なものにアクセスできるようにしているようなのですが、…
この記事はIQ1 Advent Calendar 2018の14日目の記事になります。 （※1 前もって記事を書いてたらアドベントカレンダーのこと忘れてた…） （※2 最近 意識高そうな 本があんまり読めてないのでタイトル変えましたﾃﾍﾍﾟﾛ） この記事の概要 人間の記憶に頼ること…
今日、書籍を買うときに、はて、中古品を探そうか、と一瞬悩んだ。 しかし、Amazonだと即日で入手できないし、ブックオフにわざわざ足をのばすのも時間がかかる。置いてあるとも限らない。 そんなわけで、結局その場で購入してしまった。 安く品物を手に入れ…
しばらく極端に忙しかったりしたので、お久しぶりですの状態に。 ——- ふと思い立ち、渋谷の道玄坂から、ラブホが多く存在している地区に入ったところにある名曲喫茶 ライオンに行ってみることに。 外の騒がしさからは完璧に隔離された空間。携帯利用禁止、ス…
最近、インプットするための自分の時間が取れていないので、くだらない話をしてお茶を濁すことにします。多分今後もこの手のことをするので、一応（１）として。 とりあえず、どうしようかと考えて、食べ物の話でもしようと思います。 最近食べておいしかっ…
一般に、理論と直感というものは対比して表現されることが多い。理論は静、青な世界であり、直感は動、赤な世界であろう。 しかし、クラシック音楽を多少たしなむ身として感じるのは、理論と直感の関係はそんなに簡単ではないということである。 音楽という…
一応、8年前のTOEIC530点から、今年にTOEIC840点を取得した者として、少しばかり経験を語りたいと思う。 普段とは違う話だが、もしよければお付き合いいただきたい。 結論だけ先に述べておくと、英語は場数が必要だ。もしくはより一般的に、苦手・キライなこ…
微妙に体調が悪いことをいいことに、ノマドワーカーをしている。まあ、一応学生なので座席に居る義務もないし。 「やりたいこと」と「やらなければならないこと」というのは、一致しないものである。 例えば、掃除なんてものはキレイ好きでないと面倒なもの…
微妙に風邪を引いたようで、喉鼻の調子が少し悪い。。。まあ、季節の変わり目に加えて睡眠不足気味なので、自然な結果である。 前に、「困難は分割せよ」という意味で以下の記事を書いた。 yanagi3150.hatenadiary.jp とは言え、問題を「想像可能・実現可能…
最近、ロジカルシンキングやクリティカルシンキングの書籍を購入してしまい、読んでない書籍がどんどん増えていく。さらさらと読まないといけないなあと思いつつ。。。 前回の続き。良い雰囲気は作りたいですよね、どう作りましょうね、という書籍もいろいろ…
書籍を読んでいると、「良い雰囲気を作る」「雰囲気の良いチーム」「ムードメーカーになる」みたいな話が多い。 良い雰囲気を作るというのは、仕事という緊張環境においては難しく、かつ作りたいものらしい。 しかし、良い雰囲気を作る理由はなんだろうか。 …
「毎日筋トレしようと思ったけど、何も考えずにお風呂入っちゃったし、明日やればいいかあ…」 習慣にしたいことをやるときに、「明日やればいいか」と思うのは、残念だが人間としてはかなり正常だ。もちろん、この帰結はやらなくなるだけである。 人間という…
昨日は研究室の人たちと突発的に日本酒とワインをたしなむ会をしてしまい、更新できる感じではなかった。 最近インプット量も落ちているので、また頑張らねばなるまい。まあそんなもんだな。 先日、「書くことで他人の良い所を具体的に見つける」ということ…
博士論文を一気に進めているのだが、いかんせんやはり時間がかかるものだ。。。なかなかinputの時間が取れず、outputするネタが減っていく。 忙しい時ほど、TODOリストを使ってタスクを管理、なんてことを考える。しかし残念ながら人間は忘れっぽいもので、…
相変わらずの忙しさで、なかなかアウトプットを忘れてしまいがちなのだが、なんとかブログは続けることができている。続けられたらいいな、と思う。 完璧主義の人間として、失敗というのは怖いものだ。なるべくなら失敗しない道を歩みたい。 しかし、残念な…
先日、見て、聞いて、感じて学習しろ、という話を書いたが、 見るにも、いろんな「見る」がある。 文字を読む 図形を見る 絵を見る 写真を見る 筋道を目で追う 全体を俯瞰する 1つの学習で複数の「見る」を組み合わせると学習効率が高まると私は感じている。…
忙しいといつのまにか自分のための時間を失ってしまうものだが、そういう時こそ自分のための時間というものを意識することが重要だと思う。 これには2つの側面がある。 自分のための時間を捨ててしまうと、中長期的に見て精神的、また今後の自分のためにも良…
研究室の合宿でバレーボールを数時間やり、夜は12時過ぎからTRPGをするという強行軍をしたために睡眠欲がものすごい。。。。 ——— 教えるとは、自分の知識を開示することであり、さらに手間のかかる行動である。 ましてや、教える相手が知識を得たがらないよ…
今日は研究室の合宿でこれから夜中までアクセスできそうにないのでストックを放出しておく。 「誰にも頼らずに生きることが自立である。」これは正しい考え方だろうか。 確かに「誰にも頼らずにいきる」ならば「その人は自立している」と言えるだろうが、そ…
肌に合わない本というものが存在する。私であれば、実は「学びを結果に変えるアウトプット大全 (Sanctuary books)」は肌に合わない。感覚を言語化することがうまくできないのだが、なんだかうさんくさく感じてしまうのだ。 しかし、肌に合わない本こそ、頑張…
