論文読み(1):Automatic and Efficient Decomposition of Two-Dimensional Structures of Small Molecules for Fragment-Based High-Throughput Docking

論文読み

論文を自分で読んでおきながら、管理がろくにできていない感がものすごいのでブログにしたためるようにしてみようと思ってみたり。

Title

Automatic and Efficient Decomposition of Two-Dimentional Structures of Small Molecules for Fragment-Based High-Throughput Docking

Abstract

この論文では、DAIM(Decomposition and Identification of Molecules)というプログラムを紹介している。 DAIMはfragment-basedなdockingを行う前処理として、

  • 化合物の分割(decomposition)
  • フラグメントの解析 ～ fragment-based dockingに必要なアンカーの決定

という2つの仕事をしている。特にこのDAIMに用いられているアンカーの決定方法により、フラグメントのサイズで決定する手法やランダムに優るdocking結果を得ている。

なぜ読もうと思ったのか？

自分がcompound decompositionをやっている関係で、どういう所にメリットを感じているのか知りたかった。

Fragment-Based docking

Fragment-Based dockingは以下の3ステップからなる。（これは一般的？）

  1. 化合物の分割(decomposition)
  2. フラグメントのドッキング, 簡易的なスコア評価
  3. フラグメントのドッキング結果の位置をアンカーとして、化合物の再構成

DAIM(Decomposition and Identification of Molecules)

DAIMは、概要で記述したとおり、化合物の分割と、分割結果であるフラグメントがアンカーとしてどれほど適切かを順位付けする、という2つの仕事を持っているツールである。

順位付けには17個の整数値/実数値からなるDAIM fingerprintを利用し、そのfingerprintの総和を"chemical richness"と呼び、アンカーとしての適性評価指標としている。 （chemical richnessの計算方法が面白い）

Experiment

省略。言うほどsize-basedの手法とDAIMの手法での精度の差が出ていないので微妙感がある。